Lippukunnanjohtajalla eli lyhyemmin lpkj:lla on kokonaisvastuu toiminnasta. Koskiveikot on rekisteröitynyt yhdistys, joten lippukunnanjohtaja toimii myös yhdistyksen puheenjohtajana.
Koskiveikoissa lippukunnanjohtajan päätehtäviin kuuluu Johtajaneuvostojen vetäminen, toiminnan organisoiminen ja valvominen, raporttien tekeminen sekä lippukunnan edustaminen. Apulaislippukunnanjohtaja, lyhyemmin alpkj, toimii lippukunnanjohtajan tukena.
| 1961 - 1970 | Matti Kalliokoski |
| 1971 | Matti "Mosse" Salmi |
| 1972 - 1980 | Tuomo "Tumppe" Rounioja |
| 1981 - 1994 | Jarmo "Jami" Komulainen |
| 1995 - 1996 | Piia "Piukku" Haukilahti |
| 1997 - 2000 | Seppo "Sepo" Rajaniemi |
| 2001 - 2002 | Ann-Mari "Amma" Mustonen |
| 2003 - 2004 | Anna "Nalle" Leinonen |
| 2005 - 2006 | Mari "Nasu" Tohmola |
| 2007- | Viivi-Lotta "Emppu" Komulainen |